肝細胞癌的根除性治療以手術及射頻消融術為主。立體定位放射治療、經導管動脈化學栓塞及經導管放射栓塞，能增加疾病局部控制效果。碳離子治療為一種帶電粒子治療（charged particle therapy）。與傳統光子射線相比，碳離子射線具有獨特的物理特性，使得大部分的放射劑量能集中在腫瘤區域釋放，減少正常肝組織及鄰近器官（如腸胃道、肺臟）的照射劑量，從而降低正常組織的損傷。目前已有多個臨床研究證實碳離子治療在肝癌的成效與安全性。其五年局部控制率可高達80-90%，3 級以上的放射性肝病變或其他不良反應的發生率極低。臺北榮總重粒子治療中心已於2023 年5 月啟用，期盼能為肝癌患者帶來更多治療選擇與更佳的疾病控制。
