人類免疫缺乏病毒(human immunodeficiency virus, HIV) 與C型肝炎都是重要的公共衛生問題，兩者因為有相同的傳染途徑，所以HIV感染者有較高的比率合併C型肝炎病毒感染。HIV感染者合併C型肝炎比一般C肝患者較早發生代償不全之肝硬化、肝癌、及死亡。HIV感染者的C型肝炎盛行率因危險因子不同而不同，在臺灣整體約18.6%，在注射藥癮者約94%，在男男同性戀族群約為3.5%，在異性戀患者約為10.9%。在注射藥癮者常見基因型與一般族群不同，為1a、6a、3a。直接抗病毒藥物 (direct antiviral agents, DAA) 在HIV感染者療效與一般族群相當，然而HIV感染者有較高之再感染率，尤其在男男同性戀族群，再感染的發生率為每100 追蹤人年有8.2 人次感染，危險因子為新近的梅毒感染。定期篩檢、直接抗病毒藥物治療、教育、與特殊族群的減害計畫需同時進行，才能有效防治HIV的C型肝炎。
